Identification et comptage des séjours COVID-19 et grippe

MCO

CIM-10

Auteur·rice

denis Gustin

Date de publication

13 octobre 2024

Introduction

On renvoie à l’article “Hospitalisation et codage COVID-19 et grippe entre 2018 et 2022” pour les enjeux et les codes d’identification des séjours COVID-19 et grippe via la CIM-10.

Ce script identifie les séjours COVID-19 et les séjours grippe, puis calcule leur nombre respectif et le ratio nb_sejour_covid/nb_sejour_grippe

Code

library(dplyr)

sejours_covid_grippe <- mco_rss$rum %>% 
    dplyr::select(no_rss,nas,dp_rum,dr_rum) %>% 
    dplyr::mutate(across(c(dp_rum,dr_rum), ~ stringr::str_sub(.x,1,3), .names = "{col}_groupe"),
                  across(c(dp_rum,dr_rum), ~ stringr::str_sub(.x,1,4), .names = "{col}_sous_groupe"),
                  .keep = "unused") %>% 
    dplyr::summarise(.by = no_rss,
                     sejour_grippe = any(dp_rum_groupe %in% c("J09","J10","J11")|dr_rum_groupe %in% c("J09","J10","J11")),
                     sejour_covid = any(dp_rum_sous_groupe %in% c("U071","U072")|dr_rum_sous_groupe %in% c("U071","U072"))) %>% 
    dplyr::summarise(nb_sejour_covid = sum(sejour_covid, na.rm = TRUE),
                     nb_sejour_grippe = sum(sejour_grippe, na.rm = TRUE)) %>% 
    dplyr::mutate(ratio_sejour_covid_grippe = ifelse(nb_sejour_grippe != 0,nb_sejour_covid/nb_sejour_grippe,NA))
sejours_covid_grippe

Commentaires

Ligne 3 : mco_rss$rum est un tibble des variables de la partie fixe des RUM. Voir Guide des scripts - Jeux de données

Ligne 4 : les utilisateurs de l’accès PMSISoft Professionnel peuvent remplacer les 2 variables dp_rum et dr_rumpar les variables dp_sejour et dr_sejour pour identifier les séjours aux niveaux des DP et DR séjour

Ligne 5 : calcul des variables dp_rum_groupeet dr_rum_groupe pour préparer l’identification des séjours grippe

Ligne 6 : calcul des variables dp_rum_sous_groupeet dr_rum_sous_groupe pour préparer l’identification des séjours COVID-19

Ligne 7 : on décide de ne pas garder les variables natives dp_rumet dr_rum

Ligne 9 : identification d’une séjours grippe via une variable logique sejour_grippe qui vaut TRUEsi, par séjour, au moins un dp_rum_groupe des RUM du séjour, a la valeur “J09”,“J10”,“J11” ou si au moins un dr_rum_groupe des RUM du séjour a la valeur “J09”,“J10”,“J11”

Ligne 13 : gestion de la situation extrême où nb_sejour_grippe == 0

Etre tenu au courant de la publication des nouveaux scripts PMSI R